居住在「東京住宅區」的主角「澄野拓海」，與家人和青梅竹馬「嘉琉亞」一起，
原本過著一成不變的平凡生活。
然而，那樣的日常生活卻突然告終。
當住宅區遭烈焰燒燬、怪物來襲時，一名自稱指揮官的神祕吉祥物「SIREI」，
將可發動特殊力量的「我驅力刀」交給澄野拓海。
為了守護嘉琉亞，拓海依照 SIREI 所說的，將我驅力刀刺入自己的心臟。
當他醒來時，已經身處被「不滅之火」包圍的「最終防衛學園」。
被召集到此處的 15 名學生，由 SIREI 任命為「特別防衛隊」。
他們必須抵禦來襲的神祕敵人「侵校生」，守衛學園 100 天。
為了重新回歸曾經的平靜日常，籠罩在絕望中的 100 天學園生活正式拉開序幕──
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